国家面临危亡，为了巩固统治的根基，南宋比任何时刻都要强调，无论野蛮人做得如何像模像样，始终是山寨的，儒学的正宗在南宋。这个背景下，儒学中强调衣钵传承的道学学派被历史选中。它一直以来讲的故事都是，儒学通过程颢、程颐的学生杨时传到了南方，又传给了道学学派。儒学的正统不在北方，而是与南宋朝廷在一起。

朱熹最后成为道学核心，从学术上讲，是因为他的理论在道学内部最有系统性、最全面，特别是在哲学思辨层次上超越其他同道。他在编纂经典注释和指导阅读经典时注意思想源流，界定了道学的组成范围。

朱熹还重建了白鹿洞书院，这是道学传播的重要事件。白鹿洞书院在10、11世纪盛极一时，但后来因为北宋政府将注意力转向官学，导致私学没落。到了1179年，朱熹甚至要依靠樵夫带路，才找到旧址。他上书朝廷请求资助重建这座书院，因为它象征儒家教育与文化价值。白鹿洞书院于是获得朝廷、地方政府和私人的资助，开放讲学。心学学派的陆九渊也在1187年兴建象山精舍，他在这里完成了心学体系，并指导门徒研修，每当讲课时，“户外履满，耆老扶杖观听”。

1170年，朱熹母亲去世，他也在母亲墓地附近创办了寒泉精舍，守孝治学。在这之后，他又陆续创办了云谷晦庵草堂、武夷精舍、沧州精舍等。

朱熹博学精神的思想体系是通过为经典著作做注解、跟其他学者辩论、编选诠释各家学说完成的。

程颢开创的学派由陆九渊继续，王守仁完成，称为“陆王学派”或者“心学”

冯友兰总结，程颐开创的学派由朱熹完成，成为“程朱学派”或者“理学”

到了南宋，儒学里的旁支“道学”发展起来。这个学派的学者们对经典著作进行重新思考，挖掘出儒家思想中的人文主义和理性精神，这与人们从前对儒家教义的理解不同。后代史学家认为，从这个意义上，道学代表了儒学的复兴和再生。冯友兰在《中国哲学史》里分析，道学主要来源于三条线：一是儒家；一是佛家，特别是禅宗；一是道教。这三条异质的，甚至很多方面互相矛盾的思想统一成一个系统，需要时间和若干学者的努力。

北宋儒学的主流其实是王安石代表的新经学和司马光代表的新史学，这也是熙宁、元祐党争的学术核心所在。

宋徽宗则是道家哲学最热心的支持者和传播者，他对道教的推崇程度在历史上空前绝后。 儒学奋起在危亡时刻，靖康之变对文明又优雅的北宋来讲犹如当头棒喝。