选派翰林官员，征召饱学之士，对《永乐大典》中所收珍稀古籍进行辑集，是纂修《四库全书》的第一役，也是其重要的组成部分，乾隆极为重视。而刘统勋等奉旨集议前，就派人前往翰林院书库核查，奏报此书在移入之初已多有缺失，“现存在库者共九千余本”，“九千”多少呢？没见提交确切数字。辑佚开始后，分校翰林必然要对所存《永乐大典》作出详明统计，也会及时奏报皇上，但未见有文本或记载流传。

三十八年二月二十二日，应是在接到准确的核查数据后，乾隆谕令两江总督高晋、浙江巡抚三宝访查《永乐大典》的流失卷册，曰：

近因访求载籍，以翰林院所贮之《永乐大典》内，多有人未经见之书，派员查核，约缺一千余本，较原书少什之一，不知何时散佚？闻此书当时在内阁收存时，即有遗失，似系康熙年间开馆修书，总裁官等取出查阅，未经缴回。彼时如徐乾学、王鸿绪、高士奇等皆在书局最久，其家或尚有存留此书剩本，亦未可定。着高晋、三宝札知各本籍地方官，令向各家一为访问。倘果有其书，无论本数多寡，即为缴出送京。并谕以此书虽系官物，然在当时原无稽核，偶尔取携翻阅，无意收存，本无关碍，此时亦并不追究从前遗失之故。惟是藏书家留此残编剩帙，实为无用之储，若归之中秘，裒辑完全，颇有裨于四库，用是广为咨访，令其家不必惊惶。

乾隆朝《永乐大典》实存和遗失的精确数字，目前能见到五十九年十月军机处的一份奏片，本人再加核计，为：原书22937卷，实存20473卷，缺2404卷；原为11095册，实存正文9881册，加上15册目录，实缺1202册（每册两卷）。这个数字虽出自20余年后，考虑到弘历对该书之看重，应无人敢于窃取，当日谕旨中所称“约缺一千余本，较原书少什之一”，是非常准确的。

乾隆思路敏捷且缜密，因《永乐大典》的迁藏翰林院在雍正初，立刻想到可能是在康熙朝丢失，进而推断与开馆修书的借阅相关。其中主要是明史馆，应也包括《佩文韵府》《大清一统志》等。被点名提到的徐乾学、王鸿绪、高士奇，皆曾主持或参与明史馆事。徐乾学曾说《永乐大典》的遗失在鼎革之际，难免被质疑有心遮掩，此时便进入顺手牵羊的嫌疑人之列。谕旨很婉转，嘱令到其家礼貌询问，转达不追究之意，缴回即可。弘历也想到别的流传途径——

又或此书别经流播，因而散落人间，以及书贾坊林视为前朝旧书，转相售易，亦属事理所有，并着高晋等留心体访。如见有此书，即官为收买缴送，但须谕有司不动声色，善为搜求，不可假手吏胥，致令藉端滋扰。

事经三朝，徐乾学等人皆已物故，如果当年真的携出此书，也有可能被后人售卖，流播坊间，皇上之意是只要收回就好，多花点儿银子买回来也好。

接奉由刘统勋以军机处字寄发来的谕旨，高晋、三宝立即派员访查。徐乾学，昆山人，为顾炎武的外甥，康熙九年探花，以博学多识、才思敏捷深得玄烨爱赏，仕至刑部尚书。他曾任《明史》和《大清一统志》总裁，二十七年五月被劾请归，经皇上批准携带《大清一统志》文稿，邀请阎若璩、顾祖禹、胡渭等人在苏州洞庭湖别墅继续编纂，这就是所谓的“即家设馆”。纂修时所用参考文献，主要取自其传是楼藏书，从京师带回一些典籍包括《永乐大典》之册亦不无可能。王鸿绪为华亭人，康熙十二年榜眼，仕至户部尚书，担任明史馆总裁，四十八年正月因卷入皇嗣之争免职，离京时将万斯同所撰史稿带走，仿照徐乾学之例，在家乡修订增饰，或也会夹带一些大典散册而归。而忽忽半个多世纪过去，连他们的儿子都已逝去，物是人非，待地方官赶到，两家后人皆称查遍各房，并无《永乐大典》剩本。高晋办事极为精细，派干员带足银子，到苏州等地书肆商船到处打听，也是毫无收获，只得将此情奏报皇上，并说：“徐乾学家之传是楼，已于雍正十二年不戒于火，书籍悉遭焚毁。”意思是即使有，也被一把火烧了。

浙江方面，高士奇出生于绍兴余姚县樟树乡高家村，顺治间迁居钱塘，而第一次被劾解任，定居于嘉兴平湖。高士奇精明博雅，多年随侍君侧，收集了大批典籍、书画、彝鼎，兴建藏书楼分类收藏。他也喜欢选择古本刊刻，如隋杜公瞻《编珠》，宋周弼《唐三体诗》、高鹏飞《林湖遗稿》等，皆称善本。新任巡抚三宝委派嘉兴知府张绍元带着平湖知县，“亲至高士奇家，宣布皇上恩旨，令其子孙在其家内细细寻觅，实无存留”。可以想象三位前朝大员的后人之惊惶，而“细细寻觅”的不光是其后辈，自会有吏役盯着，如过筛子般翻拣查看。三宝也表示已命湖州选派干练的教官，“携带银两，向书贾四散购觅。如得原本，不惜重价收买”。话到此处，多数也就是说说罢了。

除了以上三人，乾隆也想到雍正朝大学士蒋廷锡，这位曾为《乐善堂诗钞》题序的帝师，也曾担任明史馆总裁，以及《佩文韵府》《康熙字典》《古今图书集成》等书的总纂官。廷锡号青桐居士，江苏常熟人，精古文献，擅书画，富藏书，但卒于任上，将《永乐大典》带回家的可能性不大。正是由于这样，乾隆没有让高晋派人直接至其家查问，而是面谕刘统勋，让他转询蒋廷锡之子蒋赐棨（时任户部右侍郎），蒋赐棨当即表示“即寄信回家问明，如有收存，即行恭缴”。此事未见下文，推想亦是一次空网。

功夫不负有心人。三宝从浙江传来好消息，据宁波府报告：鄞县贡生卢址主动呈缴家藏古籍二十余种，其中有从《永乐大典》中抄存的《考工记》，“计六本，称系祖上遗留，今闻访购，情愿呈缴”。《考工记》出自《周礼·冬官》，历代传本和研究者较多，乾隆批了个“知道了”，没有太多惊喜。对于这个抄本的来历，卢址说得很含糊，推测仍与全祖望相关——毕竟鄞县是他的家乡，当年抄录之件流入别家，也是可能的。

（本节参考文献：《明实录》《纂修四库全书档案》《清实录》《日下旧闻考》《国朝宫史》《四库全书纂修研究》《书林丛考》《四库全书寻踪记》《永乐大典辑佚述稿》《全祖望评传》等）